| アルゴル太陽系歴、AW1383。第2惑星モタビア…。 かつて、マザーブレインと呼ばれた、巨大コンピューターの力により、アルゴル太陽系に住む人々達は繁栄の途を拓いていた。だが、モタビアで起こったバイオモンスターの大量発生…、そして第1惑星パルマの消滅により、アルゴルに住む人類はかつてない危機的状況に置かれていた。その原因分子を作り出したのは、1000年周期に厄災をもたらす闇の化身ダークファルスと、アルゴル太陽系を略奪しようと企んだ、地球人の存在だった。 それを知ったモタビア政府は、エージェントとして働く若き隊員、ユーシスに一連の調査を依頼し、ネイと呼ばれたニューマンと共に運命的な旅を始める事となる。そして、アルゴルの運命に導かれるかのように、過酷な運命を背負ったユーシスは、伝説のエスパー・ルツと出会い、進むべき道を示される。そして、原因分子となっていた闇の化身、ダークファルスとマザーブレインの破壊に成功する。だが、マザーブレインを破壊するという事は、同時に文明をも失うという事で、人類は想像した事のない困難な道を進む結果となった…。 それから100年後…。文明の崩壊により、豊かな生活は失われはしたが、環境の変化に順応し、力強く生き抜いている人類は、平和で豊かな未来への希望の扉を築き始めていた。そして人々の記憶から、マザーブレインの存在が薄れはじめた頃、この物語は再び静かに動き出す…。 |
各キャラの年齢は、ゲームスタート時の年号AW1383から生年月日の年号を差し引いて計算しています（AW1383年は月日の設定がないので、生年のみの計算です）。
年齢：23
職業：エージェント
種族：ヒューマン
武器：短剣、長剣、片手銃
加入：最初から
ライルが幼い頃、両親が突然行方不明となり、パセオの孤児施設で幼少期を過ごす事となる。恩師であるリーザとの出会いで、教育を受けたライルは、モタビア政府のエージェントを目指すようになり、晴れて正規部隊の一員となった。得意武器は、ナイフやソードである。
年齢：不明
職業：ハンター
種族：ヒューマン
武器：短剣、投擲、ムチ
加入：最初から
民間組織で働く、名の通った腕利きのハンター。悪質なハンターやバイオモンスターなどを狩る。そして、ライルの恩師でもある彼女のプロフィールは不明で、誰にも明かしていない。扱いが難しい、ムチやスライサーなどを使って戦うのが、彼女のスタイルである。
年齢：1
職業：無職
種族：ニューマン
武器：爪
加入：ニドのタワー
バイオモンスターと人間の細胞を掛け合わせ、生み出されたニューマン。尖った耳と、猫のようにしなやかな身体能力を持つ。ライル達との出会いで、彼女の運命の歯車が大きく動き出す。ナイフや銃などを使うのは嫌いで、特殊なクローを扱う。
年齢：24
職業：生物学者
種族：ヒューマン
武器：短剣、片手銃、その他(メス、杖、スケール)
加入：アリマーヤの街
モタビアの生物学者、リーン博士の元に身を置く若き研究生。動物や植物など、こよなく愛する優しい心の持ち主であるため、バイオモンスターの脅威を止めたいと思っている。武器を使うのは得意ではないが、バイオモンスターに有効なテクニックを覚える。
年齢：36
職業：エンジニア
種族：モタビアン
武器：両手銃
加入：オプタノへの通路
モタビアンのエンジニア達を取りまとめ、人材派遣をしている元締め。その大きな体格からもわかるように、細かな事は気にしない性格で、面倒見がよく、とても気のいいおじさんである。元軍人らしく銃の扱いには慣れていて、メカに有効なテクニックなどを覚える。
年齢：20
職業：どろぼう
種族：ヒューマン
武器：短剣
加入：オプタノの街
孤児だった頃に盗みを働き、警備隊員に捕まりそうになっていたところを、ブレークに助けられる。運動は得意で身のこなしは良く、ブレーク仕込みの戦闘スタイルで、素早く目標に近づき攻撃する。また、彼女の得意分野、泥棒スキルの「鍵開け」で、鍵の掛かった青色のコンテナなどを開けることができる。
※本作では、お店や友人の部屋で盗みません。
年齢：133
職業：アンドロイド
種族：アンドロイド
武器：両手銃
加入：コントロールタワー
人工的に作られたアンドロイド。コントロールタワーに長年眠っていたが、ライル達と出会うことにより再び覚醒する。成人男性の容姿をしているが、身長は2メートルを超えており、かなり大柄な体格から重たい銃器類などを難なく使いこなす。テクニックなどは使えない。
年齢：35
職業：ガンナー
種族：ヒューマン
武器：片手銃
加入：人工衛星ウラノス
祖父が宇宙海賊タイラーの元隊員だったというのだが、彼自身はその自覚はなく、預けられた宇宙船の守り人としてピアタに住んでいた。彼の特技は片手銃の扱いで、2丁拳銃も難なく使いこなせる。ただし、ナイフや刃物類は苦手で使えない。
年齢：不明
職業：エスパー
種族：ヒューマン
武器：短剣、投擲
加入：アメダス
デゾリスから来たというエスパー。名前がユーリアという事しか明かさず、ライルをデゾリスに連れて行きたいと思っている。その他の詳細は現在不明。
※ユーリアは、ストーリーが進むと紹介内容が変化します。
？？？（クリア後攻略ページに載せています）
モタビア政府のトップ。総督は市民の中から投票によって選ばれるが、先の戦いで英雄とされた（ルドガー）シュタイナー家の中から立候補して当選した人望の厚い人物。モタビアの発展と安定の舵取りに手腕を振るっている。
物語の節目にセントラルタワーに登場し、ライル達を激励しながら、進むべき道を示してくれる。
セントラルタワーにあるライブラリの受付を担当している女性。名前は不明。ライブラリについて調べ物をすると、各情報について親切に教えてくれる。最後に、受付の女性についても質問できる。
職歴や趣味を少し教えてくれるが、それ以上は個人情報の保護という事で内緒にされてしまう。なお、ゲームが進行すると、さらに個人情報がいくつか判明し、立ち絵が追加される。
名前は不明。セントラルタワー内で、エージェント用の武器や装備品を開発研究している。物語の進行に応じて、試作品のアイテムを提供してくれることがある。本作では、預り所としての役割はなし。
※アイテムは期間限定です。次のアイテムをもらえるタイミングまでなので、早めにもらいましょう。
| 試作品 | 提供期間 |
| ショートソード | ミゥ加入からバイオシステムクリア前まで |
| ヒートガン | バイオシステムクリア後からルーティ救助前まで |
| ウッドケイン | ルーティ救助後からピアタ到着前まで |
| シルバータスク | ピアタ到着後から人工衛星に向かうまで |
| セラミックギア | デゾリス星から帰還後から4ダムクリアまで |
| パワードブーツ | 4ダムクリア後からエスパー神殿のイベントまで |
| バリアシールド | エスパー神殿イベント後から2回目のエスパー神殿イベントまで |
| サイコウォンド | 2回目のエスパー神殿イベント後から本編クリア前まで |
| アルゴルリング | 本編クリア後からEXダンジョンクリア前まで |
| ビジフォン | EXダンジョンクリア後からエターナルタワークリア前まで （2周目はコスモアトマイザーがもらえる） |
| ヒミツのカード | エターナルタワークリア後 |
ヘンリーと共に生物学を研究している博士。今回の異常事態の原因を調べるため、単身ニドのタワーに向かったが、そこでバイオモンスターに襲われてしまう。しかし、運よく出会ったミゥに助けられ、難を逃れる。
博士は、マザーブレインがいなくなった今、再びバイオハザードが起きたのは、何者かが過去と同じ厄災を起こそうと企てているためではないか、と考えている。
オプタノに住んでいる、ブレークの愛娘。ブレークの養子になったシルフィとは、血はつながっていないが、姉妹として仲良く暮らしている。イベント後は家の外にいる。
オプタノの外れに住んでいる、かつてのミュージシャン・アバンチーノの孫に当たる人物。オネエな言葉遣いは、子孫にも受け継がれているようである。今作では、サウンドテストの役回りのみのようだ。
サウンドを聞きたいと頼むと、ゲームに流れる音楽を順番に鳴らしてくれる。ゲームを進めて新曲が登場すると、曲目に追加されていく。
初期段階は、⑫オーバーまで試聴できます。
その後、ゲームが進むごとに曲が増えます。
PS2以外の曲は出現しません。
| 曲名（登場順） | 使用場面 |
| ①ファンタシースプライト | タイトル・エピローグ一部 |
| ②レストレイション | モタビア星フィールド・通路・ ジェットスクーター（海上） |
| ③プレジャーストリーム | モタビア星の街 （パセオ・アリマーヤ・オプタノ・ゼマ・クエリス・ ピアタ） |
| ④アドバンストポジション | モタビア星ダンジョン （シュレーン工場・ニドのタワー・バイオシステム・ ロロン・ディレクトファクトリー・グリーンガーデン・ アメダス） |
| ⑤ステップアップ | 病院・テレポートサービス・データーメモリー・ 友人の部屋・アバンチーノ宅・ナウラの店・ルーティ宅 |
| ⑥ブラッキーニュース | 武器屋・防具屋・工房・再生クローンラボ |
| ⑦マイホーム | 自宅・リーン博士宅・ブレーク宅・ジェザ宅・ ディレクターズルーム内部 |
| ⑧プレッシャー | セントラルタワー・ライブラリ・総督の部屋・ 屋上・医務室・ディレクターズルーム外庭 |
| ⑨ア・プロローグ | プロローグ・ミゥ登場シーン・ ウラノス脱出中の夢 |
| ⑩ライズオアフォール | 通常戦闘 |
| ⑪ムーブメント | 戦闘勝利 |
| ⑫オーバー | ゲームオーバー |
| ⑬ザ・プレイスオブデス | ボス戦闘 |
| ⑭プロマイズドミステリー | コントロールタワー・人工衛星ウラノス・4ダム |
| ⑮シークレットウェイズ | ウーゾ・海底・クレバス・ EXダンジョン一部（ウーゾ・海底） |
| ⑯サイレントゾーン | デゾリス星スクレ・フィールド |
| ⑰バイオレイション | エスパー神殿・デゾリス星4神殿・氷結の神殿 |
| ⑱エキサイティングタウン | デゾリス星の街（アウクバル・ゾーサ・リュオン） |
| ⑲パワー | エスパー神殿イベント曲（ユーリアとの会話） |
| ⑳アンダー | ライアの塔（ラストダンジョン） |
| ㉑エクスクライム | エピローグ |
| ㉒ネバードリーミング | スタッフロール |
前の大戦でマザーブレインを使って、モタビアを支配しようとしていた地球人の化学者。人とバイオモンスターを掛け合わせた人工生命体の研究をしており、ミゥもそれによって生み出された。
前の大戦で目論見が失敗した後、コンピューターに研究を任せ、自身はコールドスリープによって100年間の眠りにつく。目覚めた現在は、人工衛星ウラノスにおいて、ニューマンによる第2段階の人類改造計画をもくろんでいる。さらに、研究の完成の暁には、モタビアをニューマンの力でテラフォーミングしようと画策している。
ファンタシースターオンラインなどに登場していたキャラ。本作では、ロロンの最下層でケーキ屋を営んでいる。ペロリーメイトやショートケーキは回復アイテムだが、イベントにも必要。
ペロリーメイトは、初代PSに登場していた回復アイテム。アルバムは単なるお土産アイテムのようだ。このお店は販売専門で、売却は出来ない。
クエリスの街に兄と住んでいる女の子。クエリスへの通路で、盗賊に捕らわれている。助けると、自宅に案内してくれる。自宅に着くまでの間、なぜかアイテム化している。その後は家の周りにいる。物語が進むとセリフが変わるので、時々話しかけてみよう。
クエリスの街に住んでいる。名前は不明。妹のルーティを助けたお礼に、グリーンガーデンにあるというジェットスクーターの鍵をくれる。他にも、色々なアドバイスをくれるので、物語が進んでからも訪ねてみよう。
シュナウザー・ガガートによって生み出されたニューマン。ミゥより先に作られたため、ミゥの姉に当たる。居場所を求め、善悪関係なく誰かの役に立ちたいという思考から、生みの親であるガガートに従い、ライル達の命を狙っていた。
コントロールタワーでリーザに重症を与えるが、ライル達に反撃され一旦は姿を消す。その後、人工衛星ウラノスでガガートと共に登場し、再びライル達と激闘する。敗北し命の炎が消えかかると、ガガートに見捨てられてしまう。ウラノスが崩壊寸前の中、生きた証を作るために、最後の力を振り絞ってライル達をウラノスから脱出させる。
絶海の孤島に謎の施設を構える女性。右には、ニューマンらしき少女が眠っている。ゲームの進行具合によって、セリフが変わることがあるので、時々訪ねて話しかけてみよう。
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